寺起源于唐代，清康熙重建，因其与普陀山普济寺同为主祀观音菩萨，又地处普陀山之南，故名南普陀寺。
寺的外围有东西两山门，东门靠近厦门大学，西门靠近钟鼓隧道。2个门之前的距离很近，所以哪个门进去都可以。放生池在2个门的中前方，内有乌龟，前还有荷花池。
南普陀寺很小，如果不准备爬五老峰，参观起来很快。主要建筑有天王殿、大雄宝殿、大悲殿、藏经阁等（从山门一路往前顺序经过），两厢有钟楼和鼓楼、左侧的慈善楼与右侧普照楼，左右对应，雄伟壮观。
天王殿是南普陀寺的第一殿，进入后迎面就可以看见慈眉笑眼，袒胸露脐的弥勒菩萨，所以天王殿又称弥勒殿。一般拜弥勒佛主要是求福求财，当然求财效果最好的据说还是文财神和武财神。
大雄宝殿是是供奉着西方三圣，大悲殿内奉祀观音， 十八罗汉分居东西两厢。而在藏经阁内，你可以看到各类珍藏佛教文物。
南普陀寺内庙宇周围保留众多名人题刻，寺后崖壁有个很巨大的“佛”字石刻，常有游客来拍照。
普照楼是吃素斋的地方，人均大约59元，爱吃素的可以考虑在此用餐。南普陀寺的素斋还是非常有名的，全国也获过奖，上面还挂着天下第一素宴的牌匾。
走的时候别忘记带几盒素饼回去，南普陀素饼荣获过《中国名点》金鼎奖，是厦门著名特产。有甜、咸各种口味馅料，10元/盒。如果有选择困难症，口碑比较好的有椰子味，南瓜味和绿豆味，
南普陀寺后就是五老峰，号“五老凌霄”，是厦门八大景之一，如果想要游山的，也可以顺带爬山游玩，无额外费用。
